در بیکینی باتم دردسر بزرگی درست شده است. فردی تاج شاه نپتون را دزدیده و به نظر می‌رسد آقای خرچنگ، رئیس باب اسفنجی، مقصر این کار است. باب اسفنجی با وجود اینکه به تازگی فرصت ارتقای شغلی رویایی‌اش را از دست داده، پشت رئیسش می‌ایستد و همراه با بهترین دوستش پاتریک، راهی ماموریتی خطرناک به سمت شل سی می‌شود تا تاج را پس بگیرد و جان آقای خرچنگ را نجات دهد.

انیمیشن داستان ماجراجویی‌های پلانکتون حیله‌گری را به تصویر کشیده است که وقتی تمام نقشه‌های او برای تسلط بر جهان با شکست مواجه می‌شود، زندگی‌اش کاملا تغییر می‌کند و ...

هنگامی که بیکینی باتم ناگهان از اقیانوس بیرون می‌آید، سندی چیکس و باب اسفنجی به ایالت زادگاه سندی در تگزاس می‌روند، جایی که با خانواده سندی آشنا می‌شوند و باید بیکینی باتم را از دست یک مدیر عامل شرور نجات دهند و ...

پدربزرگ پاتریک از یک ماشین زمان برای یافتن راه بازگشت به خانه استفاده می‌کند اما در این میان در ابعاد و زمان‌های مختلف ظاهر می‌شود و ...

باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوزئیدون «دزدیده» شده‌است، می‌روند و آنها به شهر گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم همچنین برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری را فاش می‌کند.

باب اسفنجی و دوستانش در شهر زیرآبی خودشان، «مایو کنار» حضور دارند اما با اتفاقی ناگهانی تبدیل به ابرقهرمانانی کامپیوتری می‌شوند که باید دنیا را نجات دهند…